Durante el virreinato del Río de la Plata, se hizo necesaria una nueva organización y así es que en el año 1780, la Contaduría Mayor fue transformada en Tribunal Mayor de Cuentas, con facultades para requerir la rendición de cuentas y compeler a quienes no la presentaran en el tiempo fijado. Dentro de su competencia estaba el análisis de la cuenta rendida, la formulación de la planilla de cargos y pronunciamiento del fallo. Previamente debía darse vista al funcionario juzgado para que presentara los descargos que estimara corresponder. Las personas alcanzadas por el fallo quedaban obligadas al reintegro de las diferencias verificadas por el Tribunal.
El Tribunal de Cuentas de la Provincia de Santa Cruz, fue creado por Ley Nº 33, como institución destinada al control de la legalidad del gasto público el 27 de agosto de 1958, funcionando en la calle Rivadavia 122 de esta Capital.
Por Decreto Nº 767/59 y mediante Acta Nº 22, se toma juramento como Presidente al Dr. René Fernández Salles y como Vocales al Sr. Roberto E. López y por la minoría política al Sr. Victoriano Alberto Cortez.

El primer acuerdo se realiza el día 30 de noviembre de 1960, durante este mismo año se establecen las fechas de inicio y cierre de ejercicio para los municipios y comisiones de fomento, a fin de normalizarlos.

La primera inspección “in situ”, se autoriza el 22 de noviembre de 1961.

Al año siguiente no habiéndose cumplimentado con las normas que rezan para la designación al cargo de Contador General de la Provincia, el Tribunal de Cuentas, comunica al Poder Ejecutivo la necesidad de efectuar dicho nombramiento.

Mediante Acordada Nº 99, el cuerpo aprueba la reforma del Reglamento Interno.